Der Hochaltar wurde nach einem römischen Entwurf in schwarz-grauem Marmor gebaut, der aus einem Steinbruch am Stanserhorn stammt. Die weissen Teile sind aus Alabaster, der ebenfalls in der Innerschweiz gebrochen wurde. Nach seiner Aufrichtung 1639 machte der Altar auf die Gläubigen mächtigen Eindruck, denn bis jetzt wurde diesseits der Alpen noch nie ein Altar in römischem, klassischem Barock errichtet. Das Altarbild mit der Ölbergszene malte der römische Maler Giovanni Lanfranco.